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Le jeu de la molécule

  • Auteur de la discussion Auteur de la discussion 5tr4t0
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5tr4t0

Holofractale de l'hypervérité
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18/8/09
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Suite à ce post : post-41915.html?f=97&start=180#p312788

Je suis fier de vous présenter le jeu de la molécule.
Le concept est on ne peut plus simple : quelqu'un poste une représentation topologique d'un composé, et après c'est la guerre !
Le premier qui trouve la bonne réponse poste à son tour une nouvelle image, et ainsi de suite.
En revanche, les réponses telles que "xanax" ou tout autre nom commercial sont à éviter autant que possible.
Sont donc autorisés : les noms vernaculaires ("alprazolam" au lieu de xanax, par exemple) ainsi que les IUPAC ("8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazépine" dans le cas de l'alprazolam, pour rester sur cet exemple).

Allez, je commence par une fastoche :

Voir la pièce jointe 5313

A vous de jouer !
 
2,5-Dimethoxy-4-Iodo-Phenetylamine
(2C-I)

*Déçu*
 
J avais juste trouvé que ca terminais en amine...
Mais ce qui serais interessant c est d'expliquer comment vous avez trouvez.
Genre l ' iode j'lavais vu , les 2 o c est le dimethoxy , le nh2 c est ''amine" , et le carré au milieu c est quoi ? ( des carbone ca je sais mais encore )
 
Pas certain de si c'est 2C-I ou DOI (allez voir sur Wikipedia, les molécules sont quasi pareilles).
Et je sais que je vais ruiner le jeu, mais... http://www.emolecules.com/
 
Le DOI a un groupe méthyle en position alpha, car c'est l'analogue amphétaminique du 2C-I. Ce n'est pas le cas avec la molécule que Strato a posté. ^^
Le "carré" au milieu c'est une molécule de benzène.

Vous trollez les gars ? Y'a encore 6 mois je n'aurais même pas été fichu de donner cette réponse tellement j'suis un amateur... >.<

EDIT : J'attends quand même confirmation du posteur original avant de re-poster un agrégat d'atomes divers et variés. <3
 
Don_Fouinardo a dit:
Vous trollez les gars ? Y'a encore 6 mois je n'aurais même pas été fichu de donner cette réponse tellement j'suis un amateur... >.<

Y'a six ans en arrière, j'aurais été incapable de trouver la molécule.

Aujourd'hui, je peux toujours pas, sauf que je me suis fait une raison. :blasé:
 
Phenethylamine substituée :
346px-Phenethylamine_rests.svg.png

Sérieux ? >_<

(Bon, le premier vrai chimiste qui passera par la risque de grincer des dents vu que j'improvise total amateur/profane là : )
Nous avons une phenethylamine(voir image) =>

- 2 groupes methoxy (Methyle + Oxygène) en position 2 et 5 => 2,5-Dimethoxy
- Un atome d'Iode en position 4 => 4-Iodo
- Tout le bouzin sur la phenethylamine => 2,5-Dimethoxy-4-Iodo-Phenethylamine
 
.
 
2,4,5 trimethoxyamphetamine (TMA-2)

Pareil que Don => Phéné, trois groupes methoxy en position 2, 4 et 5 et tout ça sur une structure d'amphet (alpha-methyl-phénétylamine)
 
et comment tu definis quel R est l'alpha , le 2 le 3 ect
 
Je suis pas sûr de comprendre ? Comme sur le schéma, on voit qu'on prend comme référence le carbone qui est le lien entre le phényl et l'éthyllamine (euh sur le benzène, hein, putain si ma prof de chimie me choppait ...). Tous les chiffres que tu vois sont des carbones. Donc le carbone de référence, c'est le 1, puis dans le sens inverse des aiguilles d'une montre, le 2, 3, ... Ensuite sur les les deux carbones restant sont nommés alpha et beta. Là on voit que ya trois groupe methoxy et d'après le schéma, ils sont sur le 2,4,5.

Cette notation ne marche que pour les phényléthylamines après ... Faut faire du cas par cas pour toutes les classes de molécules. Pour voir si t'as compris :

713628hehe.png
 
Nan, c'est de la ?,2,5-trimethoxy-4-bromo-phenylethylamine. Nan mais en fait t'avais raison.
Pourquoi ? ? Et bien parce qu'on fait la différentiation entre la substitution des groupements methoxy en position 2 et 5 sur le cycle -le benzène en l'occurrence- et la substitution sur la chaîne carbonée, qu'on nomme alpha, beta par coutume, mais on pourrait tout aussi bien dire 1', 2', etc.
C'est juste pour marquer la différentiation entre d'éventuelles ramification au sein d'une molécule.

Cours de nomenclature :
Pour nommer ta molécule, il faut d'abord que tu repères quelle est la fonction (=groupement) prioritaire de celle-ci (y a-t-il présence d'un atome d'azote -donc une amine-, un acide carboxylique, un ester, un aldehyde, etc) et la priorité des fonctions est établie par l'IUPAC (Union internationale de chimie pure et appliquée), et il y a 22 groupements. Vous pouvez trouvez la liste sur internet, sinon moi je l'ai je pourrais vous la taper si ça vous intéresse.
Une fois que l'on a identifié le groupement le plus important (selon l'IUPAC donc), cela nous permet donc de fixer un repère, par lequel toute la numérotation va pouvoir s'effectuer.
Il faut le rappeler, la nomenclature des molécules polyfonctionnelle a pour but la compréhension entre les chimistes d'une même équipe, et même du monde entier.
Prenons le cas de la molécule de méphédrone par exemple :
Voir la pièce jointe 5317
Tout d'abord, il faut savoir que l'appellation "4-méthylmethcathinone" n'est pas un IUPAC, par exemple.
"4-méthylméthcathinone", c'est la nomenclature totalement arbitraire de personnes qui avaient l'habitude de travailler avec ce genre de composés et qui ont trouvé plus commode d'inclure un nom trivial -ici, la cathinone- au beau milieu de la dénomination de leur molécule.
Là vous allez me dire "ouais mais tu pinailles mec, leur formule elle est pas fausse puisque la cathinone elle existe et que sa structure est définie". Ok, sauf que si les chimistes devaient se taper des centaines de milliers de noms triviaux à apprendre par cœur pour pouvoir déchiffrer le travail des autres, on serait pas sorti de l'auberge.
Y'a un truc qui me choquerait (en tant que chimiste professionnel hein) dans leur "4-méthylmethcathinone". Imaginons que vous ayez la molécule de la cathinone devant vous :
Voir la pièce jointe 5318
Voilà, un rêve s'est réalisé.
Bon ben génial, je dois placer un groupe méthyl en position 4. Bonne chance pour la trouver la position 4. Vous n'avez aucun référentiel. Et encore pire, allez-donc placer le "meth" de "4-méthylméthcathinone" ("méth" qui, soit dit en passant, est un abus de langage et signifie "méthyl"), aucune indication n'est donnée quant à sa position.

Nous allons donc faire intervenir notre magnifique nomenclature polyfonctionnelle pour nommer cette molécule.
On se la remet sous les yeux :
Voir la pièce jointe 5317
Qu'est-ce qu'on voit ?
Faisons un petit point sur la représentation topologique des molécules :
-L'atome de carbone va chercher à former 4 liaisons électroniques (ce qu'on appelle la tétravalence de l'atome de carbone)
-Chaque angle correspond à l'emplacement d'un atome de carbone, à moins que cela ne soit infirmé par une lettre désignant un autre élément chimique (genre le N, c'est pas un atome de carbone pour le coup, c'est un atome d'azote)
-Les traits correspondent aux liaisons électroniques qui lient les atomes entre eux.
-1 trait correspond à chacun un électron mis en commun par les deux atomes pour former un doublet liant (on dit que les électrons s'apparient pour former une liaison), 2 traits (comme sur le benzène ou entre l'oxygène et le carbone par exemple) signifie que 2 paires d'électrons sont mises en commun et s'apparient pour former une double liaison; et ainsi de suite, j'espère que vous avez compris.
-Les atomes d'hydrogène ne sont pas représentés dans la représentation topologique, sauf s'ils forment une liaison avec un élément autre que le carbone (on voit bien le H au-dessus du N). Par conséquent, étant donné que nous avons évoqué le fait que l'atome de carbone (chaque angle) forme 4 liaisons électroniques, cela signifie qu'en réalité, notre molécule de méphédrone est comme ceci :
Voir la pièce jointe 5317
Voilà, c'est pas beau, ça encombre, on comprend vite pourquoi le choix a été fait d'omettre la représentation des atomes d'hydrogène.
-Dernier point, qui mène souvent à des interrogations profondes : les triangles noirs représentent les liaisons des atomes qui sortent du plan vers vous, et les triangles hachurés représentent les liaisons qui sortent du plan vers l'arrière. Quant au zigouigoui présent sur la molécule de la méphédrone, il indique que représentée telle quelle, la liaison pourrait très bien sortir vers vous ou sortir derrière, mais en aucun cas la liaison ne peut se trouver dans le plan de la molécule (question de répulsion entre les charges électroniques).

Bon, la dernière étape je vais un peu accélérer :
Je vous balance l'IUPAC et la représentation topologique colorée par mes soins et ça devrait être plus compréhensible :
Voir la pièce jointe 5320
(±)-2[-(méthylamino)-1-(4-méthylphényl)propan-1-one
1°) On repère la fonction la plus importante du composé : on a ici des alcanes, des alcènes, une amine et une cétone. D'après le tableau des priorités fonctionnelles de l'IUPAC, la fonction la plus importante est la cétone. Cela veut dire que l'IUPAC de la molécule finira en "one", qui est le suffixe attribué à la fonction cétone. Cela veut également dire qu'il y aura un "amino", le préfixe attribué quant à lui à l'amine. Chaque groupe fonctionnel possède un préfixe et un suffixe suivant la priorité qu'il occupe dans la molécule. Pour compléter l'idée, voici la guest star de ce topic :
NeoNono a dit:
De plus, la numérotation est faite de façon à placer la fonction cétone sur l'atome numéroté 1 de la chaîne propane
2°)Voici le modus operandi : on repère la chaîne carbonée la plus longue, cycles exclus. Ici la chaîne carbonée la plus longue est constituée de [3 atomes de carbone]=propane. On numérote dans l'ordre les carbones du propane de manière à ce que la somme des endroits où se ramifiera le propane soit la plus faible possible. Bon là j'avoue ça encule les mouches sévère.
3°) Et bien allons-y, nous sommes prêts pour noter les différentes ramifications de cette chaîne carbonée.
Nous somme sur le premier carbone (qui porte donc la fonction cétone), et nous allons imaginer que nous marchons sur la chaîne carbonée. Nous rencontrons d'abord l'atome d'azote, qui est lié au carbone 2. Mais l'azote est lui-même lié à un groupement methyl. Nous l'appelons donc "(methylamino)". attention à ne pas oublier les parenthèses qui indiquent que l'azote et le méthyle ne forment qu'une seule ramification, [s:36f0kis7]et non pas un atome d&#39;azote sur la carbone 2 et un méthyle lui aussi fixé sur le carbone 2 mais pas rattaché à l&#39;azote.[/s:36f0kis7].
Revenons sur nos pas et replaçons-nous en position 1 : nous observons que le benzène (appelé phenyl lorsqu'il est un substituant) est relié à un methyl, et ce au bout du quatrième atome de carbone qui forme le benzène. Nous appellerons donc ce groupe le "(4-methylphenyl)".
Attention toujours à ne pas oublier les parenthèses, [s:36f0kis7]sous peine de créer une ambiguïté en laissant croire que le methyl et le phenyl soient tous deux liés au carbone 1.[/s:36f0kis7]
Nous avons maintenant tout pour nommer notre composé, et je suis fier de vous présenter la (±)-2-(méthylamino)-1-(4-méthylphényl)propan-1-one.

Notes :
1°) Le "4" du "(4-methylphenyl)" n'a ici rien à voir avec la numérotation de la chaîne carbonée principale, il sert simplement à placer le methyl au bon endroit sur le benzène
2°) le "(±)" est une indication de stéréochimie, cela veut dire que cette formule est un mélange racémique.
3°)Je suis bien conscient du fait que ce n'est pas facile du tout (j'ai moi-même dû m'y reprendre plusieurs fois pour écrire ce post), et vous ne verrez jamais un chimiste organicien vous sortir l'IUPAC d'une molécule comme ça au tac-o-tac.
Si vous n'avez compris ne serait-ce qu'un dixième de ce post, c'est déjà pas mal.
Je ne peux malheureusement pas me permettre d'être exhaustif, je ne définis pas tout les termes que j'emploie, mais certaines notions sont bien trop complexes pour que je me permette de vous les exposer. C'est pas pour rien qu'il y a des milliers d'énormes bouquins de chimie.

Je remercie une fois de plus NeoNono qui m'a dit où j'avais faux, et m'a indiqué la numérotaion à appliquer.

J'espère que ça vous aura donné le goût de dessiner des molécules par ci par là^^.
 
Très bon tuto strato ! :)

file.php


2°)Voici le modus operandi : on repère la chaîne carbonée la plus longue, cycles exclus. Ici la chaîne carbonée la plus longue est constituée de [4 atomes de carbone]=propane.

En revanche, je pense qu'il y aune erreur dans ton schéma, d'une part prop renvoie à trois atomes de carbone. Donc d'après ce que tu dis, sur le schéma, la ligne rouge devrait être sur les trois atomes de carbone en partant de celui qui est dans un plan différent par rapport aux autres (le 1 sur le schéma), à celui qui est lié à la fonction cétone (le 3 sur le schéma). D'où le nom :
(±)-2[-(méthylamino)-1-(4-méthylphényl)propan-1-one

De plus, la numérotation est faite de façon à placer la fonction cétone sur l'atome numéroté 1 de la chaîne propane. Donc le 3 est le 1, le 2 reste le 2 et le 1 devient le 3. Quant au 4 (du schéma), il appartient au groupe phényl.

Nous marchons désormais vers le carbone 4, nous omettons volontairement la cétone, qui ne doit apparaître qu'à la fin de l'IUPAC. Nous rencontrons donc le (4-méthylphényl)

Et le "4" du 4-méthylphényl correspond en fait à une autre numérotation de chaîne carbonée : celle du benzène. Et cette partie (4-methylphényl) est sur l'atome 1 (le 3 sur le schéma) de la chaîne carbonée propane.
 
Bon je recapitule ce que j'ai capté .

Chaque coin = 1 carbone ( sauf si y a une lettre )
chaque trait = 1 liasion
Le carbone a toujours 4 liaison , si pas precisé, avec de l'hydrogene
Les hachure et les traits c'est quand ca rentre ou sors du plan .
Une double liaison d un carbone avec un oxygene = one ( donc en sois le carbone est lié 2x a O et 2x a H alors ?)
Liaison avec NH = amine
Et un cycle de 4 carbone = propane

pour le reste j ai encore du mal mais ca commence a rentrer.

?? pour si peu , te laisse pas allé gros :p
 
Si je ne m'abuse :
Tu ne peux pas lier deux fois avec l'hydrogène, celui-ci n'ayant qu'un électron de disponible. Donc plutôt quelque chose comme 2x avec un oxygène et ensuite deux liaisons simples avec deux hydrogènes.

Et je ne pense pas que tu puisses faire de cycle stable avec 4 carbones. Au moins 5 je dirais.
Tu parlais peut-être d'une chaîne de 4 carbones ?
 
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